自分はグレー（5％刻みに濃さををパレットに登録）から透明にしてる
コミスタから似たような方法でやってたから
ソフト移行に際してそのまま同じ作業感でできるように。

自身のレイヤー管理や作業効率を考慮してやりやすい方で
いいと思う。