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アマチュア、同人なら今のところ一番多いのは↓じゃないでしょうか
モーションなし：メタセコ、六角
モーションあり：LightWave

あとはMilkShape3DやgameSpaceが注目を集めている感じですかね

ちなみに私もメタセコです
これからgameSpaceに手をだそうかなと思っています