マップチップ画像のアルファチャンネルを極限まで下げることでゲーム内ではほぼ透明ですが
エディタ上での表示ではバグりまくって色化けしたので擬似的に前述の状況を再現出来ました。
自己解決いたしました。お目汚しすみません。