昨日質問させていただいた720です
724さんを参考に、コモン191「行動内容のセット」113行目にある「味方コマンド選択」を挟む形でカーソルONとOFF(表示位置・戦闘スロットともに1600010を入力)を挿入したところ、コマンド選択中のキャラクターウィンドウのみ点滅させることができました
検索しても参考になるページが見つからず困っていたので、非常に助かりました
ご教示いただきありがとうございます