サイズ規格も特になく大きさがそれぞれ異なるエネミー素材じゃ実行してないが
キャラチップ、マップ素材、アイコンの場合ならPNGではなくPSDとしてファイル化してるわ
加工や改変を全くしない人には必要ないかもだけど

例えば有料で販売されてるマップ素材なら、販売タイトル単位でそれらをひとまとめにPSDとする
ツクール公式のデフォ素材ならVXA、MV、MZ、とそれぞれひとまとめにPSDとする
そこから切り出して組み合わせてPNGとして出力することで手も加えやすい