>>7
certbotをパッケージでインストールしてればcronで日2回動くようになってる。まずその点を確認しなよ
何かの拍子どころかそもそも自動更新されるように設定できてないんじゃね？
削除もちゃんとcertbot deleteしたのか、勝手にディレクトリごと削除したのか？
具体的に何をどうしたのか言わないとダメだよ
できないようなら、あなたは向いてないからレン鯖でも借りてなさい