cygwin版のMinGWと、cmd.exe 版のMinGWって結構違うような気がしてきた。
Makefileなんかもcygwin版だと/cygdrive/c/xxx/yyy/zzz の形式になっている
のに対し cmd.exe版は c:\xxx\yyy\zzz になっているらしい。
また、コンパイラに -I 指定したパスなんかも同様の違いがあるらしく、
configureが作ったMakefileは、cygwin版MinGW用で、
cmd.exe版のMinGWでは、#inclde "wx/setup.h" のパスが探せなかったり
する。

build, host, target の指定は、全て mingw を指定していたのだから、
cygwinが入り込む余地は無かったはず。これは、configure.inか、
Makefileのどちらかを自前で修整する必要がありそう。

Makfileの / を \ で置換して、/cygdrive/x/ を x:/ にしてみたら結構
行ける。途中、pch でファイルにアクセス拒否で書き込めないと言われるが、
もう一度 make すると、何事も無かったように続行する。