WSL1 (bash 4.4.20) だと
$ time bash -c 'i=0; while [ $i -lt 1000000 ]; do : $((i+=1)); done'
real 0m6.317s
user 0m6.313s
sys 0m0.000s

MinGW64 (bash 4.4.23) だと
$ time bash -c 'i=0; while [ $i -lt 1000000 ]; do : $((i+=1)); done'
real 0m15.053s
user 0m15.000s
sys 0m0.030s

Cygwin (bash 4.4.12) だと
$ time bash -c 'i=0; while [ $i -lt 1000000 ]; do : $((i+=1)); done'
real 0m13.897s
user 0m13.858s
sys 0m0.046s

うーん、こんな単純なコードで2倍の差がでてるから
もうこれはどうしようもないのか？