開発環境がlinuxで、windowsポート考えるならベストチョイスじゃないの
というかそれしかなくね？

linux版がwin版ほどメンテされてないというのは確かに事実で、両OSのmingwで吐かれるwinバイナリが同じという保証は乏しい
wsl使えるなら両方試して齟齬がないか検証すべきでは