>>52 DFU Device Firmware Update
HEX ファイルは、microPython のコード全てをダウンロードするから、micro:bit は、完全なリセット手順からやらないと上手くいかないよ。
リセットボタンは押しづらいから、自分は電源のオフオンの方が楽。

USB 接続かBluetooth 接続かでも手順は違うけど。
MakeCode のHex は上手くいくの？
自分もpythonエディタからダウンロードさせたことはないけど。

話は変わるが、高校の情報1 のコンピュータのメイン言語がPython になり、センサーの話の例では micro:bit が出てきてるらしいね。 今は改定中で教師用研修教材はダウンロードできなくなってるけど。