というか、思うにこれはPHPだと「出力用」と「DB整理用」のphpを別にして、
「DB整理用」は別にcronで叩く、というのが一般解なのかな？

これ自体も外部依存しているのでよい解ではないが、
ここまで蔓延っているPHPがこの辺の「普通にやる処理」を上手く記述出来ないのもあり得ない。
だとすると、現実的にはこの解なのだろう。

とはいえ、最安のレンタルサーバーだとcronは使えないし、
纏めて整理する時に命中したらその時だけ奇妙に遅くなるわけで、
出来ればマメに整理しておきたいのだが。