ここで、直積みコードを動かす為には format_for_API を「参照渡し」から「値渡し値返し」に変更する必要が有り、
コードは、

$resultArr = fetch_from_DB();
$resultArr = format_for_API($resultArr); // 再代入
echo json_encode($resultArr);

となる。これだと結果としては速度/メモリ共に変化無い。ただし最近の『再代入禁止』には反するので、

$resultArr = fetch_from_DB();
$resultArr_formatted = format_for_API($resultArr); // 別名
echo json_encode($resultArr_formatted);

と別名にすると、(今回の俺の場合、速度は大して変わらないが)使用メモリは増えてしまう。
これらから言えるのは、

A. format_for_APIは「参照渡し(参照返し)」が正しいはずだが、何故かNoticeが出されてしまう。
　仕様としては、参照渡しに未初期化の変数が渡されたらそこでnull初期化される、ということだから、
　直積みでも動くのは正しく、Noticeが過剰なように見える。（ただし以下7とは矛盾）
　(PHPの構造上 is_ref が変数上にしか持てないのが問題なのだろうが、
　そこはボックス化みたく変数化すればいいだけで、このような右辺値を流し込んでいる状況なら危険性はないはず。
　実際動いているし。だから何でNoticeなの？となる)
B. 同名の変数に再代入する場合は(破棄されることが見えているから)最適化がかかり、問題はない。
C. 別名の変数に保存した場合、元の変数($resultArr)がそれ以降使われない場合でも、破棄されず、最適化がかからない。
　結果、メモリを余分に消費する。

これについて、冒頭の記事では「そういう特殊な高級言語だ」と表現されているが、これは当たっている。
クダグダ考えずに「値渡し値返し」でひたすら全部組み上げてもそれなりに動くからだ。
そして昨今の『インミュータブル』で『再代入禁止』なのは下位での変更が上位のコードから見えないからであって、
PHPの場合は「値渡し」でガッツリ保護されているから、
『再代入禁止』『参照透過』何それ美味しいの？でも確かにそれなりに問題ないはず。