素直にif文書くとこんなん。※インデントは全角スペース
:loop_begin
if "%~1" == "" goto loop_end
echo,%~nx1| findstr /ri /c:"co" >nul 2>nul
if not errorlevel 1 (
　　cov.exe "%~dpnx1"
) else (
　　echo,%~nx1| findstr /ri /c:"auto" >nul 2>nul
　　if not errorlevel 1 (
　　　　auto.exe "%~dpnx1"
　　) else (
　　　　echo,%~nx1| findstr /ri /c:"rec" >nul 2>nul
　　　　if not errorlevel 1 (
　　　　　　rec.exe "%~dpnx1"
　　　　)
　　)
)
shift & goto loop_begin
:loop_end

Perl知ってるなら大丈夫だと思うけど
「を含む」じゃなくて「で始まる」なら>>329か「^」を付け「/c:"^co"」とかに。