temp の件は setlocal を使っているとはいえ、確かにタブーみたいなので変更しました。
タイムスタンプの件は、後でいじったファイルに対して再度作業を実行するかどうかの問題ですね。
そこら辺は、質問者が条件を書いてないので不明ですが、私はいじったファイルについても再度実行
するんじゃないかなと思ったので（それに簡単なので）そうしました。
1度実行したファイルには2度と実行しないのなら、終わったファイルはリネーム（例えば頭に _ を付加）
するとかして除外するか、終わったファイルリストを書き出してそれをチェックするとかですかね。
他のフォルダへ移動するのが最もいいと思うけど、なんだか都合が悪いみたいなので。