よく見ると ! ではさむのを忘れとるじゃないか。

if "!line:~,16!"=="!date! !time:~,5!" if sec gtr 2 echo 更新が早すぎます !sec! 秒お待ちください

これは正しくはこうですね。(2秒以下の場合でも表示されていただけ)

if "!line:~,16!"=="!date! !time:~,5!" if !sec! gtr 2 echo 更新が早すぎます !sec! 秒お待ちください