あぁ、もしかして、あれか、最後に update.txt に日付と時刻を追記する部分で、日付を取得した後、
時刻を取得する際に翌日になっているというまさに奇跡のタイミングのことを言ってるのか？
そんな時間にバッチを動かすとも思えんし、実際にその状態を発生させようと思っても起こらないだろう。
そのような超レアケースに無駄に頭と行を使うのはアホらしいが、まぁ、やってやるよ。

set date0=!date!
set time0=!time!
if not !date0!==!date! if !time0:,2! equ 0 set date0=!date!
echo !date0! !time0:~,5! >> %update%

はい、アップデート完了！