早速の修正お疲れ様。
今回のは処理後即画面消える以外問題ないようだね。

で、勝手にいじらせてもらってリスト方式に変えてみた。
hoge.exe で処理したファイルの名前を list.txt に追記。
再度処理したければ、list.txt のそのファイルの行をエディタで削除。
これだと、バッチ処理中の追加ファイル問題も起こらない。

@echo off
chcp 65001
rem skip したファイルの名前を表示するフラグ
set f=1
set t=list.txt
if not exist %t% copy nul %t% > nul
for /f "delims="eol^= %%i in ('dir /a-d-s-h /b') do (
find "/%%i/" %t% > nul
if errorlevel 1 (
echo hoge.exe "%%i"
rem このバッチ中で処理する場合はここに入れる
echo /%%i/>> %t%
) else if %f% neq 0 echo skip "%%i"
)
pause
chcp 932

ところで、コードページを変えている理由は何？
hoge.exe に渡すファイル名関係か何か？