同じbatで起動するたびにサイクリックに実行する内容を切り替えるって意味じゃないかな
何か外部にフラグみたいなもの（又は実行用にbatをコピーしてそれを呼び出す）を用意するといいんじゃないかな
同時起動の排他制御とかは個人使用ならまあ不要だろう