パスの管理ができていればそんなに心配することないよ
Windowsコマンドを優先しておけばまずそういった問題は起きないし

自分はわざわざ入れた外部コマンドをつかいたいから、これを優先してるけど、
バッチファイルを使うときなどに差し支えそうなときは、
> set PATH=C:\WINDOWS\system32;%PATH%
といったように、必要なパスを先頭に追加するようにしてる