ご飯食べてきてもまだ誰も回答してないのか
一例だけど
・cdでフォルダ移動しなくてもmgickにパス指定で渡せばいけると思うが実行して確認してないので安全策
・output.pngが存在してたらそれも対象になっちゃいそうだからスキップしとく。何度でも再実行可能になるし
・.pngが存在しないサブフォルダはスキップ

@echo off
set target=
setlocal
if "%~1" neq "" set target="%~1"
for /r %target% %%i in (*.png) do (
cd /d %%~dpi
if not exist "output.png" (
echo %%~dpi
magick.exe montage *.png -tile 3x3 -geometry 400x400+10+4 output.png
)
)
endlocal