自分もおんなじようなことしたけど、
uw-imapでMHフォルダそのまま読ませて、
MUA上で新しくフォルダ(mbox)作って
MHのフォルダからコピーしただけでできた。

MHのままでもよかったんだけど、MHだと妙に動作が遅くて。