追記します。

estseek.conf のreplace設定を見直してみました。
試行錯誤の結果、
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
replace: file:///c|/server/{{!}}http://サーバPCのIPアドレス/
replace: /index\.html?${{!}}/
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
とすることによりまして、
検索結果の画面に緑色で表示される、ヒットした文書ファイルの所在の表示が、

http://サーバPCのIPアドレス/|http://サーバPCのIPアドレス/・・・・・

となりました。
この、「｜」を挟んで繰り返される「http://サーバPCのIPアドレス/」の最初の方、および「｜」が消えるようになれば、正常動作するような気がします。

これらを消す、なにか良い方法がありましたら教えていただければ助かります。