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レスありがとうございます。
hyperestraierとacts_as_searchableというrailsのプラグインを使って、全文検索を行いたいと考えています。

acts_as_searchableに備わっているreindex!というメソッドを実行すると、インデックスが構築される仕様になっているのですが、
これを実行すると、だんだん処理が重くなり、最終的にはMysql::Error: Lost connection to MySQL server during queryというエラーが出てしまいます。

reindex!というメソッドはデフォルトでは対象になるレコードを一気にメモリにのせてしまうので、
そのあたりは負荷を減らすようなコードに修正して実行しています。
（このような感じです。ttp://d.hatena.ne.jp/yune_kotomi/20070912/1189617411）

hyperestraierのメーリングリストで、mysqlのLost Connectionを改善する
mysql_retry_lost_connectionというrailsのプラグインを教えて頂いたのですが、
インストールしても効果がなく、どうも、接続が切れる前の段階でつまずいているような気がします。

対象レコード数は100万弱で、途中で止まってしまいましたが、
#docs => 22897、#words => 196666まではいけました。

なにかアドバイスいただければ幸いです。
よろしくお願いします。