IMAPは使わない前提で、POP3はクライアント側の設定で「サーバーに残す」設定をしなければ、ダウンロードしたときに削除される
メールが外部から送られてきたときに、保存しておく場所が必要で、それが/var/spool/mail/%u だったり、別の場所だったり。