結局、lightline.vimのドキュメントにもある通り、
旧いvim-powerline用にパッチを当てたフォントを用いると隙間がなくなりました。
Noto Monoにパッチを当てて、
urxvtで隙間がなくなるように文字間を1px詰めています。
当面vimで使うだけならこれでもしのげそうです。

https://i.imgur.com/AwRn7aa.png

Noto Monoは割と文字間が広いのでむしろ詰めてちょうど良いくらいですが、
Rictyとかは逆に狭いので具合が悪い。