これまでどちらかというと文字間が空き過ぎて詰めてるんですが、
逆に文字間を5pxまで広げたら表示されました。
これだけ広げるとセパレーターの前後に隙間ができて使えませんでしたが。
urxvtでambiwidth=doubleに設定した場合、
現状では旧vim-powerline用のフォントを使うしかなさそうです。

xfce4-terminalではCicaフォントで問題がないようです。