面倒だろうとは思うけど、上カメラと呼び出したコーデの型番を連動させて、そもそも上から読めるように配布してないコーデははねる設定にできないんだろうか
3DSソフトのQRには3DSを示す部分があるだろうし、筐体のシステム側ではねるようにしちゃえばいいんじゃないかな
「このQRは上カメラではスキャンできないよ！」とか言わせて