とりあえず自分なりの解釈で、運航指揮官は輸送船に座乗して輸送船のみを指揮する役目で、主に護衛なしの船団につけられる
少数の護衛艦がつく場合は、護衛艦の先任士官が船団指揮
1944年4月になって、松輸送など大規模船団の運用時に、特設護衛船団司令部を設置し、指揮官は護衛艦に座乗する
ヒ72船団のように輸送船側に運航指揮官、護衛艦側に特設船団司令官と両方つく場合もあり、という解釈なんだが
しかしヒ船団はともかく、松輸送や竹輸送なんかは海上護衛隊でなく、連合艦隊が担当すべきではないかと思ったり
ソロモンの第3水雷戦隊のような感じで