九九式艦爆は開戦初日から海軍の中心となって活躍し続けた。しかし防弾装備が皆無であったため一回の戦闘での消耗は激しく、珊瑚海海戦では33機中9機と約1/3を失った。さらに第二次ソロモン海戦では出撃27機中、23機が撃墜され、南太平洋海戦では出撃57機中40機が撃墜されている。搭乗員の生還率も低く、日本の場合は撃墜=死であることが多かった。このため戦争中盤には日本軍の攻撃機の搭乗員の練度は大幅に低下していく。