社内SEは業務を支援するためのITを使った仕組み作りを行う事です。各種のIT機器、システムの導入、管理、運用という制度や基盤レベルでの支援が業務となります。
一方のヘルプデスクは、社内や顧客のIT活用上の質問やトラブルについて、問い合わせを受けて解決することが主業務となります。より現場に近い位置での仕事といえます。