ドローンでは無いが、小型のボートだか漁船だかの「自爆攻撃」で、
米海軍のイージス駆逐艦の船腹に穴開けられたことがあったよな。
もう20年くらい前だったか。

有事なら接近してきた段階で警告の上、主砲で破壊もできるが、
平時だとなかなか判断が難しい。