まあマイクロ炉は主機ではなくてあくまでAIPなのです
主機とは、その動力単体で全速を出せる機関です
海自の潜水艦は浮上時やシュノーケリング時にディーゼルエンジンで
それぞれの最高速度が出るように設計されています。
そうりゅうだと、水上13ノット、水中20ノットです。
マイクロ炉では浮上しても13ノット出ないでしょう。

マイクロ炉は２基積んでもせいぜい1000ｋWです
7000kWのモーターを全力で回すには足りません
バッテリーアシストで残り6000kWを出すこともできるかもしれませんが、
バッテリーには上限があります。
海自潜水艦の鉛シールドバッテリーは１モジュールあたり23kWhの容量を持ち
リチウムイオンバッテリーは約50kWhです。
このモジュールをおやしお、そうりゅう型では480個積んでいました
24,000kWhで、6000kWのアシストなら4時間できます…
現実には4時間しかできません。
たいげいみたいにモジュールをたくさん積んでも1～2時間全力運転時間が延びるだけです。

ディーゼルエンジンは積む必要があります。