光学ディスクにもファイルシステムやセクタという概念はあります。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Universal_Disk_Format
新規書き込みと追記だけ対応(消去して書くには全消去するしかない）ものと、
FDやHDDのようにランダムアクセスができ、消した分使えるものとがあります。
前者はUDF1.02で、DVD-Video(R/RWとも)やDVD-ROMが、
後者はUDF1.50以降で、VRフォーマットのDVD-R/RW/-RAM、Blu-rayに使われています。
ちなみに、大昔は磁気ディスクにも前者タイプはありました。QuickDiskとか。
FDやHDDと違って書き換え可能回数は少ないので、それに対応する工夫はあるらしい。
内容全削除ができる形式なら、ファイル全削除もフォーマットも違いはないはず。
どちらも管理領域だけ書き換えてる。全部書き換えたら結構な時間かかっちゃうからねえ。
部分削除＋書き込みはシークタイムが長い光学ディスクではフラグメンテーションの原因になるから
できればやめた方がいいと思う。
