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そうでしょうね。ノースブリッジ直結云々は誤った謎理論を展開していらっしゃるので無視した方がいいかと。
重要なのは拡張カード経由にしたらノイズが消えたこと。
これはマザーボード側のUSB(チップセットのもこか、オンボードの別チップか不明)で問題があったということで、一番可能性が高いのはドライバの問題かと思います。あるいは知覚のUSBポートについて無線マウス等のレシーバーがあっｒば、そっｒと離した影響かも。