>>826-828 >>830
https://gist.github.com/maki-rxrz/5a7a2c789e4369fa34853b5358fb8a29
ココに置いてある「ラップアラウンド用タイムスタンプ補正処理を修正するパッチ」(ページ最下部のlibavformat/utils.cのパッチ)
をFFmpegに適応し、L-SMASH Worksをビルドして試してみて下さい。

音声構成の切り替えを含む物だけに発生する問題であればコレに該当する現象かと思われます。