報告です
Amatsukaze 0.5.5.1で以下の症状が出ますが仕様でしょうか?

Saving D:/work/encoded/TEST.mp4: 0.500 secs Interleaving
Error removing file D:/work/encoded/TEST.mp4
Error: I/O Error
Error: I/O Error
AMT [error] Exception thrown at x:\switch\visual studio 2015\projects\amatsukaze\amatsukaze\Muxer.hpp:205
Message: mux failed (exit code: 1)

発生条件は以下の通りです

エンコーダ: QSVEnc
メインフィルタ: メイン_インタレ解除KMF-VFR(CUDA).avs
出力フォーマット: mp4
チャプター・CM解析を無効にする: OFF

条件を少し変えてみるとエラーは出ません
メインフィルタ:KFM-60fpsでOK
出力フォーマット:mkvでOK
CM解析を無効にする: ONでOK

よろしくお願いします