みなさまありがとうございました。
CinemaCraftでは出来上がったm2vは本来のタイムコードを無視して
ユーザーの付与したタイムコードからスタートすることができました。
タイムコードを元に字幕（テロップ）を流しこもうと思っていたのですが、
Tmpegは確かにフレーム表示もないですもんね、、、お騒がせいたしました。
適材適所でソフトの使い分けをしていこうと思います！