クリップとして50本追加して、クリップ単位出力にしてるって事かな？
バッチだとプロジェクト単位だと思うので、同一プロジェクト内の複数クリップは同時に実行されないんじゃないかな。
そういう事をしたいなら、専用コマンドプロンプト類をまとめたプラグインが販売されていた様な気がします。
結構な値段だった気がしますけど。