反応してくれる人がいたのでもう少し詳しく書いてみる

まずFreeBSDでもsamba3までは問題はなかった
samba4にしたら日本語ファイル(ディレクトリも)見えない
たぶん2byteコードを認識しなくなったんだと思うがsmb.confは基本的に変えてない
検索すると同じような症状例が引っかかるがsamba3に戻して対応してるので参考にならず
ちなみにFreeBSDは10.3でも11.1でも変わらず

次にUbuntu Serverの方は日本語に関してはsamba3/samba4とも問題なし
(スレチだけど)samba4ではWindowsでネットワークドライブの割り当てをすると
ファイルにアクセス後それを閉じてもlockが外れなくなった

日本語ファイルがREGZAで見えない症状はopenindiana hipsterでは起こるが
Solaris11では起こらない(sambaのversoinはいずれも4.6.4)

とこんな感じかな
長文スマソ