>>866
字幕は-c:s copy で残るでしょ (ARIBで言うところの字幕スーパーは除く)
ffmpeg自体 映像 音声 字幕を一つづつ選んで多重化するのが基本みたいなとこあるから

EITやデータ放送も残したければgstreamerのtsdemux とかでプログラム指定してdemuxして
映像だけ再エンコしてtsmuxするとかかな...