AEのコンポジションウインドウがフル表示になっているならそんな事は起こり得ない
思うにキャプチャーソフトがプロキシファイルを生成していてそのファイルをAEに読み込んでいるのでは無いか
再生はキャプチャーボードに付属のソフトが自動的にオリジナルファイルを参照しているのだろう