個体差なのかなぁ、だとするとボード毎にあたり外れがあるのか嫌くさいなー
一応確認したときの手順書いとくと
1.bonのiniファイルは
T0→FriendlyName="PXW3PE4 Multi Tuner ISDB-T BDA Filter #0"
T1→FriendlyName="PXW3PE4 Multi Tuner ISDB-T BDA Filter #1"
でそれぞれDebugLog=1にしてEpgDataCap_Bon.exeから開いた時に#0,#1がそれぞれ選択されてるのを確認する

2.EDCBで使うBonDriverのフォルダに、ファイル順でソートしたときに先頭になるように
BonDriver_000.dllとでもして放り込む(BonDriver_UDP.dllをリネームした)

3.とりあえずEDCB関係のプログラムは全部終了しておく
EpgDataCap_Bon.exeの設定で、次回起動時に終了前のサービスで起動するのチェックは外す