TSIDが変わらないなら変更後のチャンネルに書き換えて順番も入れ替え、
BonDriver・PTxとしてのチャンネルを上から連番に振り直せばいいんじゃね？
内容を見ていてふと疑問に思ったんだが現状の15chの割り振りがTS0からじゃなくてTS1からなのは、
これとかの先頭（左側）に空きがあるからなのか？
http://www.soumu.go.jp/main_content/000506509.jpg
でも >>306 のPDFとか見るとそうとは限らないし少ない数からならどっちでもいいのかね？

あとTvRockOnTVTest.iniとdtvgenを使うならdtvgen.iniも書き換える必要があると思われ。
周波数は変わってない所に合わせればいい。