"DOS窓"も"コマンドプロンプト"も
用途および発想は同じ、OSが16bitか32bitかのちがいで区別してるだけ。
そりゃ厳密には、OSが違えば物も違うのは当たり前。
NT系の書籍の中には、コマンドプロンプト (Win 9x 系では DOS窓) なんて記述もある。
ユーザーからすれば総じて違いなんて無い。