>>69
-F系コマンドは基準ロゴと結果位置の両方に範囲制約かかる。(JLコマンド説明_全般.txtより)
なのでMkLogoが効いてないように思います。
また、Auto系コマンドは「Auto系パラメータ設定+AutoCM実行」より前は効果ないと思います。

確認していませんが思いつく方法として
・MkLogoは、GetPosで位置取得、If文で範囲確認して、MkLogo 0 0 0 -N 1 -EndHoldで実行
・AutoEdgeは、最後(Call後)でAutoDelに-Nlogoをつけロゴ位置から補正
 AutoDelは具体的には
Call "JL_標準.txt"
# ロゴ後10秒〜40秒からの5秒構成をカット
AutoDel E 00:00:20 00:00:10 00:00:40 -Nlogo 0 -code 1 -EndLen 5.0 4.5 5.5
# ロゴ後10秒〜40秒からの10秒構成をカット
AutoDel E 00:00:20 00:00:10 00:00:40 -Nlogo 0 -code 1 -EndLen 10.0 9.5 10.5