字幕
TSのCMtrimカットをAviultでカットしてtrimを抜き出すmpegencでもCM起点を記しすれば可能
Caption2srtで抜き出したSRTをsrtTrim をつかってAvisynthをつかっtrimでカットする
映像タイミングに500ミリはや出しすればだいたいうまく行く
地上波等で元からむちゃくちゃなタイミングは合わせることができない
それでも無理やり合わしたければ
SubtitleEditで動画再生しながら合わせることは可能

長文と連投多すぎてどこまで解決してるか不明だがやりたいことはこれでできるんじゃないかな？