>>655
時間が取れたので検証しました（JCOMのｱﾀﾞﾙﾄﾁｬﾝﾈﾙのTSとRailWarsのCMのMKVで困惑した）が、エンコードオプションの dual_mono_mode=main がエラーの原因のようです
詳細設定→[エンコード時のログをファイルに書き出す]からエンコード時のエラー等を参照できるので、本当はまずそれをやっていただけると助かるのですが…
…話を戻して、調べると dual_mono_mode オプションは libavcodec 内の AAC デコーダ？である aacdec に2012年にパッチが当てられた (https://ffmpeg.org/pipermail/ffmpeg-devel/2012-August/129768.html) ことで追加されたオプションです
一方、RailWarsのCM（MKV）は H.264 + FLAC 、JCOMのｱﾀﾞﾙﾄﾁｬﾝﾈﾙ（TS）は MPEG2Video + MP2 (MPEG-1/2 Audio Layer-2) の組み合わせになっていて音声コーデックが AAC ではないため、Unknown Option になって落ちてしまっていたみたいです