TMSRで作られたGOP(特に先頭)はコケる場合がある
先頭フレームやCMカット位置を1フレームずらしたり、音声を全編再エンコード出力する事で回避できる場合がたまにある
ほかにも解像度が半分になったような感じだったり、フィールドオーダーがひっくり返ったような状態になったりする場合がある
回避策は1GOP(できれば1秒以上)以上無処理余分な部分をつけて、番組情報も残して出力してTrimでCMカット指定する
TMSRがどう処理してるか見たわけじゃないけど、AmatsukazeはVFR入力に対応してないし、音声フォーマット見て処理する部分もあるのでお勧めできないことは多いね
エンコードするなら前後カット以外でTMSRを使わわないのが一番の回避かもね