検索に引っかからなかったので書かせていただきます

rigaya氏のAmatsukaze改造版で、局ロゴ以外の画面左上に表示される番組タイトルロゴ等の
２個目のロゴ除去は、Amatsukaze改で番組タイトルロゴを作成し、チャンネル設定からこのロゴの
チェックを外し、プロファイル設定の下の方の詳細設定「追加ロゴ消し用ロゴリストに」作成したロゴの相対パス名
logo\SID151-4.lgd、等と書くと行けました。

局ロゴ、番組タイトルロゴの両方にチェックを入れると、片方しか除去されなかった

いやぁ良かった良かった。これでコマンドラインバッチエンコードする機会はほぼ無くなるなぁ
カスタムフィルタでavsいじれば行ける的なカキコを見た気もしますが、ようわからんかった

後面倒くさいのはチャプターファイルの再設定くらいか