申し訳ないです。libaribb25のビルドがうまくできていないと思い込んでいましたが、これ自体はビルドできていそうでした。

dvbv5-zap -a 0 -c /root/dvbconf-for-isdb/conf/dvbv5_channels_isdbs.conf -r -P BS13_0 -o BS13.ts

これで復号前のtsをファイルに出力して、

b25 BS13.ts BS13_decode.ts

するとファイルの出力まで完了して中身の違うファイルは出力されるがうまく復号化できず。

試しにlibaribb25を素直にlibpcscliteでビルドして物理カードを使って同じファイルを復号化させるとこれはうまく行きます。
bcas_keysファイルは/usr/local/etc/に置いてあって中身もデフォルトで問題ないように見えます。